市医疗保险和区医疗保险的区别是：市级医保的医保卡可以在全市的医保定点医院刷卡治疗，区级医保的医保卡只可在本区医保定点医院刷卡治疗；市级医保的报销比例比区级医保低，区级医保报销比例较高；市级医保档案在市人才代理中心，区级医保档案在区人才代理中心。
《中华人民共和国社会保险法》
第二十四条
国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
《中华人民共和国社会保险法》
第二十五条
国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。
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