BLAST程序的参数有很多，以下是一些常用的参数：
- -p Program Name [String]：该参数p代表的是“program”，用来选择程序。其包含五个选项： blastp、blastn、blastx、tblastn和tblastx。(1) -p blastp：用蛋白质序列搜索蛋白质序列库。(2) -p blastn：用核酸序列搜索核酸库。(3) -p blastx：核酸序列对蛋白质库的比对，核酸序列在比对之前自动按照六个读码框翻译成蛋白质序列。(4) -p tblastn：蛋白质序列对核酸库的比对，核酸库中的序列按照六个读码框翻译后与蛋白质序列进行比对搜索。
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